体育系前身为1952年建立的华东水利学院体育教研室，1985年成立体育系。体育系设有体育教育第一教研室、体育教育第二教研室、体育教育第三教研室、群体竞赛教研室、军事理论教研室等5个教学机构，体育科学研究所、国防教育研究中心2个研究类机构。2020年常州体育教学部正式并入体育系，实现教学、科研和管理一体化。体育系承担着全校本科生体育课程教学、军事理论教学、体育教育训练，硕士研究生教学、体育科研、学生和教职工群体健身与校内外体育竞赛活动、高水平运动队建设、校园阳光体育文化建设、对外体育文化交流和学生体质健康标准测评与管理等工作任务。认真贯彻德智体美劳全面发展的教育方针，努力开拓创新，在体育学科发展、体育教学、体育科研、运动竞赛、群众体育等方面进行了探索和实践，取得丰硕成果。曾获全国群众体育先进单位称号、江苏省教学成果二等奖及河海大学教学成果特等奖等荣誉；学校体育工作多次被省教育厅授予“贯彻《学校体育工作条例》优秀学校”荣誉称号。

河海大学是全国首批创建高水平运动队学校，实施“体教结合”发展战略，把体育训练、体育教育与人才培养有机结合。男子足球、健美操、乒乓球等运动项目水平位于全国高校前列。高水平足球队近十年共获得2次全国总冠军，6次全国总决赛亚军，1次全国总决赛季军，7次全国南区冠军。乒乓球队近五年获得世界杯比赛、世界锦标赛（砂板）第一名各1次，第三名1次；全国性大学生锦标赛获第一名1次，获第二名2次，第三名7次。健美操队在历年的全国健美操锦标赛和冠军赛上都屡获佳绩，在全国范围内有效地提高了河海大学的知名度。

河海大学体育系2021年体育学一级学科硕士授权点获批通过，2022年运动训练本科专业获批招生，现有硕士生导师11人。在职教职工72人，其中，教学科研人员67人。全系正高级专业技术职务4人，副高级专业技术职务27人。专任教师中具有博士学位5人，2人在职攻读博士学位。

    体育系以提高学生身心素质为抓手，积极营造文明、健康、积极向上的校园体育文化氛围；建立以人才培养、学科建设、科学研究、队伍管理、场地建设等为支撑的学校体育工作体系，全面提升学校体育在培养创新人才中的作用。