河海大学高水平足球队成立始创于1987年，是教育部首批招收足球高水平运动员学校，在中国大学生足球赛事中一直处于领先地位，多年来一直有着中国大学生足球联赛南区霸主的称谓，在中国大学生足球圈也有着“南河海、北理工”的传说。自2009年以来，共获得过1次全国总冠军，6次全国总决赛亚军，1次全国总决赛季军，7次全国南区冠军。以河海大学为班底的江苏大运会男足代表队在近四届全国大学生运动会中，获得了两银两铜的成绩。
凭借出色成绩，河海大学高水平足球队多名球员先后入选中国大学生男子足球队，并代表中国参加2013年、2015年世界大学生夏季运动会男子足球比赛。2016年、2019年，河海大学代表中国大学生参加了在韩国举行的亚洲大学生足球锦标赛和在中国福建晋江举办的国际大体联足球世界杯，并取得优异成绩。
河海大学高水平足球队积极探索“校企合作”模式，先后与苏州锦富（现中甲球队苏州东吴）、南京沙叶足球俱乐部合作，并伴随俱乐部成功冲乙，在次年的中乙联赛中表现稳定，不乏战胜最终冲甲成功球队的战例。目前，河海大学高水平足球队在校与毕业球员均活跃在中冠、中乙赛场，2020年中超天津泰达球员宋岳，也曾是河海大学研究生，并随队征战过河海大学参加过的所有国内外赛事。